Школа начала функционировать с сентября 1946 года как семилетняя школа. В 1947 году Шталлупененская семилетняя школа была реорганизована в Нестеровскую среднюю школу. Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Нестеровская средняя общеобразовательная школа имени В. И. Пацаева» (МАОУ СОШ г. Нестерова имени В. И. Пацаева) образована в результате реорганизации. Учредителем и собственником имущества является администрация муниципального образования «Нестеровский муниципальный округ Калининградской области».
На основании постановления главы администрации МО «Нестеровский район» от 4 августа 2017 года №558 МАОУ СОШ г. Нестерова переименована в МАОУ СОШ г. Нестерова имени В. И. Пацаева.
Юридический адрес Учредителя: 238010, Калининградская область, г. Нестеров, ул. Черняховского, дом №20.
Функции и полномочия Учредителя МАОУ СОШ г. Нестерова имение В. И. Пацаева осуществляет Управление образования администрации муниципального образования «Нестеровский район»